Aufgrund eines Abkommens mit Japan siedeln sich 1959 etwa 8.000 Japaner in Paraguay an. Sie erhalten von der Regierung Land und beginnen mit dem Anbau von Obst und Gemüse. Ab 1968 werden rund 10.000 weitere Mennoniten, vor allem Wolgadeutsche, zur Besiedelung und Kultivierung des kargen Chaco-Gebietes nach Paraguay geholt.
1976 beginnen Brasilien und Paraguay gemeinsam mit dem Bau des Groß-Wasserkraftwerkes Itaipú am Fluss Paraná, das 1984 in Betrieb genommen wird. Ein zweites Großwasserwerk, Yacyretá entsteht zwischen Argentinien und Paraguay am Paraná-Fluß und wird 1998 in Betrieb genommen. Unter diesen Bauten sind die Saltos-del-Guairá-Wasserfälle und die Apipé-Wasserfälle ausgelöscht worden.
1989 wird Diktator Alfredo Stroessner nach 35 Jahren durch einen Militärputsch gestürzt und des Landes verwiesen. Der Anführer der Putschisten, General Andrés Rodríguez, wird neuer Präsident Paraguays. Er hebt die Medienzensur auf. Es dauert aber bis 1992, bevor eine neue demokratische Verfassung proklamiert wird (u.a. unterbindet sie die unmittelbare Wiederwahl des Präsidenten).
Am 9. Mai 1993 geht die Colorado-Partei bei den ersten demokratischen Wahlen seit der Gründung des Staates als Sieger hervor und Juan Carlos Wasmosy Monti wird neuer Staats- und Regierungschef Paraguays.
1995 gründen Argentinien, Brasilien, Paraguay und Uruguay den "Gemeinsamen Markt des Südens" (Mercosur/"Mercado Común del Cono Sur"), der u. a. den schrittweisen Abbau der Zölle zwischen den Mitgliedern vorsieht. Verwaltungssitz der Organisation ist Montevideo (Uruguay).
Im Mai 1996 kommt es zu einem landesweiten Generalstreik mit blutigen Auseinandersetzungen zwischen Demonstranten und Sicherheitskräften. Die Oppositionsparteien sowie die Gewerkschaften fordern nachdrücklich den Rücktritt von Präsident Juan Carlos Wasmosy Monti, gegen den ein Korruptionsverfahren läuft, sowie vorgezogene Neuwahlen. Ein Putschversuch von General Lino César Oviedo Silva schlägt fehl, Oviedo wird zu 10 Jahren Haft verurteilt.
Aus den regulären Neuwahlen 1998 geht der neue Führer der Colorado-Partei, Raúl Cubas Grau, mit rund 54 Prozent der Stimmen als Sieger hervor. Drei Tage nach seinem Amtsantritt beschwört Staatspräsident Raúl Cubas Grau mit der Begnadigung und Freilassung von Ex-General Lino César Oviedo Silva eine schwere innenpolitische Krise herauf. Die Oppositionsparteien (Wasmosy-Anhänger) bezeichnen das Vorgehen von Cubas, dessen neue Regierung überwiegend aus Oviedo-Anhängern besteht, als verfassungswidrig und drohen ihm mit der Einleitung eines Amtsenthebungsverfahren.
Im März 1999 wird Vizepräsident Luis María Argaña in Asunción auf dem Weg zu seinem Büro im Stadtzentrum von zwei vermummten Männern auf offener Straße erschossen. Argaña galt als einer der erbittertsten innerparteilichen Gegner von Staatspräsident Raúl Cubas Grau. Unmittelbar nach dem Mord brechen in der paraguayischen Hauptstadt schwere Unruhen aus. Es kommt zu Straßenschlachten zwischen den Anhängern Argañas und Cubas bzw. Oviedas sowie zu blutigen Zusammenstößen mit der Polizei.
Wenige Tage später spricht sich das paraguayanische Abgeordnetenhaus mit großer Mehrheit für ein Absetzungsverfahren gegen Präsident Raúl Cubas Grau wegen Amtsmissbrauchs aus. Darüber hinaus werden er und der ehemalige Heereschef Lino César Oviedo Silva von der Opposition beschuldigt, in das Attentat gegen Vizepräsident Luis María Argaña verwickelt zu sein. Nach dem Rücktritt des Präsidenten wird Senatspräsident Luis Ángel González Macchi als Übergangspräsident vereidigt. Ex-Heereschef Lino César Oviedo Silva setzt sich nach Argentinien ab und wird in der Nähe von Buenos Aires festgenommen. Oviedo beantragt in Argentinien politisches Asyl.
Der Generalstaatsanwalt erläßt auch gegen Raúl Cubas Grau Haftbefehl. Dieser entzieht sich einer Festnahme mit der Flucht in die Botschaft Brasiliens in Asunción. Seiner Bitte um politisches Asyl wird nachgekommen, und man fliegt ihn nach Brasilien aus.
Unter Präsident Carlos Saúl Menem lehnt Argentinien das Gesuch Paraguays auf Auslieferung von Lino César Oviedo Silva ab. Daraufhin zieht Paraguay seinen Botschafter aus Buenos Aires ab, worauf Argentinien wiederum ebenfalls mit dem Rückruf seines Botschafters aus Asunción reagiert. Am 7. Dezember 1999, wenige Tage vor Amtsantritt des neuen argentinischen Präsidenten Fernando de la Rúa, setzt sich Oviedo aus seinem argentinischen Exil ab, da Präsident Fernando de la Rúa sich bereits für seine Auslieferung an Paraguay ausgesprochen hatte. Nach Bekanntwerden der Flucht Oviedos stellt Paraguay einen internationalen Haftbefehl aus.
Im Mai 2000 wird ein Putschversuch von Anhängern des paraguayischen Ex-Heereschefs Oviedo Silva von regierungstreuen Truppen niedergeschlagen. Die Regierung in Asunción verhängt einen zweimonatigen Ausnahmezustand. Oviedo Silva wird im Juni von brasilianischen Sicherheitskräften festgenommen. Bei der Direktwahl des paraguayischen Vizepräsidenten im August 2000 erringt der Oppositions-Kandidat César Franco Gómez mit knapp 48 Prozent kaum 100.000 Stimmen mehr als sein Kontrahent von der regierenden Colorado-Partei, Félix Argaña, ein Sohn des im Vorjahr ermordeten Vizepräsidenten Luis María Argaña.
Ende 2001 lehnt das Oberste Gericht Brasiliens das Auslieferungsgesuch Paraguays für Oviedo Silva ab. Oviedo wird auf freien Fuß gesetzt. Drei Monate später wird in Asunción Ex-Staatspräsident Raúl Cubas Grau festgenommen, nachdem er "aus Heimweh" illegal aus seinem dreijährigen Exil in Brasilien nach Paraguay zurückgekehrt war.
