Encarnación wurde am 25. März 1615 vom Jesuitenpater Roque González de Santa Cruz am Ufer des Río Paraná unter dem Namen Nuestra Señora de la Encarnación de Itapúa gegründet. Auf Weisung der beiden Konsuln Carlos Antonio López und Mariano Roque Alonso erhielt die Stadt 1843 ihren heutigen Namen. Sie wird wegen des milden Klimas oft auch als die Perle des Südens bezeichnet. An Bedeutung gewann der Ort 1854 im Rahmen der Errichtung der Eisenbahnstrecke von Zentralparaguay.
Die Stadt gliedert sich in zwei Gebiete, das höher gelegene moderne Gebiet, auch finanzielles Zentrum der Stadt, sowie die Altstadt in unmittelbarer Umgebung des Río Paraná. Unter den 69.769 Einwohnern (Stand 28. August 2002) finden sich viele deutscher, japanischer, arabischer, ukrainischer, neuseeländischer, chinesischer und auch polnischer Abstammung. Durch die Puente San Roque González de la Santa Cruz ist die Stadt mit Posadas, Argentinien verbunden.
Encarnación ist auch Geburtsstadt des früheren Diktators von Paraguay, Alfredo Stroessner.
In der Nähe der Stadt (28 km an der Ruta 6) befinden sich die ehemaligen Jesuitenmissionen von La Santisima Trinidad de Paraná und Jesus de Tavarangue, die 1993 von der UNESCO zum Weltkulturerbe erklärt wurden.
